Efterhånden som København voksede, var det ikke hensigtsmæssigt at have orlogsflåden liggende midt i byen. De mange skibe, der var bygget af træ, udgjorde en stor brandfare, og det var kutyme at besætningen om bord i skibene smed deres affald af alle slags direkte i havnen, hvilket havde en stor negativ indflydelse på byens sundhedstilstand.

Udsigt over Nyholm

I 1680 begyndte man derfor at gennemføre en plan om at flytte flåden uden for byen. Ansvarlig for planen var generaladmiralløjtnant Niels Juel. Vest for en lav sandgrund, kaldet Revshalen (Refshalen), begyndte man at sænke udrangerede skibe, fyldt med sten. I 1685 byggede man ud fra Christianshavn et forsvarsanlæg bestående af en vold med syv bastioner. Bastionerne eksisterer endnu, og i et par af dem kan man stadig se de oprindelige krudtmagasiner i Carls Bastion og Wilhems Bastion (disse krudtmagasiner er Holmen områdets ældste bygninger, hhv. fra 1688 og 1690). Der er bevaret et batteri, batteriet SIXTUS, hvor Rigets flag vejer og der afgives salutter bl.a. i anledning af kongelige fødsler.

Hver morgen kl. 08.00 og ved solnedgang afgives et vagtskud, som tegn til, at de på Holmen liggende orlogsskibe skulle sætte orlogsflag og -gøs og ved solnedgang nedhale dem igen.

Nyholms hovedvagt “Under Kronen”.

Man fortsatte med at sænke udrangerede orlogsskibe i området, og mellem disse fyldte man op med mudder fra havnen samt affald fra Københavns gader. I visse gader i byen lå affaldet i et flere meter tykt lag, så der var nok at tage af. På denne måde opstod den ø, som fik navnet Nyholm.

Ved Nyholms nordlige ende sænkede man linjeskibet ELEFANTEN i en 90 graders vinkel på øen. Herved skabtes en lille ø, og på denne måde fik man skabt beskyttelse for de skibe, der lå for anker ved Nyholm.

Elefanten, der oprindelig var en ø, har i mange år været landfast med Nyholm og opfattes i dag som en mole, ikke som en ø. Det store vandareal mellem Nyholm og Sjælland blev kaldt “Flådens Leje”.

Nyholm var oprindelig noget mindre end i dag. Den strakte sig nogenlunde fra den nuværende nordlige ende ved SIXTUS til dér, hvor Vestre Gamle Takkeladshus ligger i dag. Senere blev øen udvidet ned til Charlotte Amalies Bastion, den udstrækning øen har i dag. Denne udvidelse fandt sted mellem 1780 og 1820

Gamle takkeladshus

På Nyholm anlagde man beddinger til bygning af orlogsskibe, og det første skib, som blev søsat fra Nyholm, var linjeskibet DANNEBROG i 1692.

Skibet sprang i øvrigt i luften den 4. oktober 1710 under kamp mod svenskerne i Køge Bugt. Efterhånden flyttede byggeriet af alle de store skibe fra Gammelholm til Nyholm. 

Det sidste skib løb af stabelen i 1918, hvorefter skibsbyggeriet og en række andre værksteder blev flyttet fra Nyholm til den sydligere beliggende Dokø.

Kajanlægget Elefanten er opkaldt efter linjeskibet, af samme navn. Denne store tredækker blev i lang tid anset for flådens bedste skib og benyttedes de første krigsår som flagskib.

"Elefanten" var admiral Gyldenløves flagskib i 1710 og deltog i kampen i Køge bugt den 4. oktober, hvor linjeskibet "Dannebrog" under Ivar Huitfeldt ledelse, sprang i luften, samt i fægtningen under Pommern, den 28.-30. september 1712, da en svensk transportflåde blev delvist ødelagt.